Mimo, że parafia pod wezwaniem Matki Bożej Bolesnej w Wólce Panieńskiej powstała stosunkowo niedawno, o początkach lokalnej wspólnoty rzymskokatolickiej można mówić już w wieku XV, skąd pochodzi pierwsza wzmianka o osadzie Jatholtow (Jatutów) oraz wsi, której posesorem był szlachcic Syropold „de Kalinowycze”. W rejestrze poborowym z 1564 roku Jatutów jest częścią parafii żdanowskiej. Pod koniec XVII w. osadę kupili Marcin i Anna Zamoyscy. Wdowa Anna Zamoyska podarowała wieś klaryskom zamojskim. Austriacki Kataster właścicieli dóbr ziemskich w Galicji z 1780 roku wymienia Jatutów wraz z wsią Panieńskie jako uposażenie klasztoru klarysek. W miejscu wcześniejszej kapliczki św. Mikołaja powstał klasztor, szpital i kościół. Gdy 3 listopada 1782 roku klasztor klarysek w Zamościu został zlikwidowany przez cesarza Józefa II, z dokumentów wynika, iż klaryski posiadały już jedynie folwark Jatutów Panieński, na prośbę ordynata Andrzeja Zamoyskiego jesienią 1784 roku przekazany przez Austriaków szarytkom (Siostrom Miłosierdzia) z Zamościa. W XIX w. teren szpitala i klasztoru wykorzystywany był przez Rosjan na koszary wojskowe, a po roku 1866 Wólkę Panieńską przejęto i włączono do rosyjskich dóbr rządowych. Wkrótce sprzedano ją w ręce prywatne. W 1883 roku właścicielem był Feliks Kwiatkowski, którego spadkobiercy w 1901 roku sprzedali Panieńskie Żydom z Zamościa. Żydzi rozebrali wszystkie budynki klasztorne, a cegłę i pozostałe materiały z klasztoru zostały wykorzystane do wybudowania cegielni oraz kaflarni w Wólce Panieńskiej. To właśnie w miejscu starej kaflarni powstał kościół parafialny.
W roku 2001 odbyło się poświęcenie placu pod kościół. Poświęcenia tego dokonał ks. bp Jan Śrutwa. Budowę kościoła i plebanii nadzorował ks. proboszcz parafii św. Krzyża w Zamościu – ks. Stanisław Bachor. Budowę tymczasowej kaplicy powierzono Ks. Jarosławowi Przyczynie. W latach 2008-2015 trwały prace przy budowie nowego kościoła i plebanii. W tym czasie powstał murowany gmach wzmocniony konstrukcją z żelbetonu.
W 2015 roku została erygowana parafia pw Matki Bożej Bolesnej w Wólce Panieńskiej, wyodrębniona z parafii św. Krzyża w Zamościu, obejmująca cześciowo Kalinowice, Wólkę Panieńską, Jatutów oraz Łabuńki Drugie. Pierwszym proboszczem został mianowany ks. Jan Cielica. Ks. Jan przejął kościół i plebanię w stanie surowym. Pierwszą Mszą św., w jeszcze nieotynkowanych murach kościoła, była Pasterka w roku 2015. W latach 2015-2024 zostały wykonane wszystkie prace wykończeniowe w budynkach, zagospodarowano plac kościelny oraz wyłożono kostką brukową ścieżkę procesyjną włącznie z przeniesieniem krzyża z zaplecza kościoła. W 2021 roku – roku poświęconym św. Józefowi została postawiona figura św. Józefa z dzieciątkiem Jezus. Obok znajduje się również wolnostojąca, niewysoka dzwonnica oraz budynek plebanii.
Od momentu otwarcia kościoła dla wiernych znacznie zmienił się jego wystrój. To wynik prac artystycznych s. Wiesławy Błażejczyk CSSF– dr sztuk pięknych, Jana Szarlipa – artysty z Zamościa, Mariana Marka Kaszuby – miejscowego artysty z Jatutowa oraz Sławomira Kozieła – kamieniarza.
Od 2019 roku w parafii proboszczowi pomagają wikariusze: ks. Adam Malinowski (2019-2023), Ks. Krzysztof Hawro (2023-2024) oraz obecnie ks. Paweł Krzaczek. W 2024 r. funkcję proboszcza przejął ks. Maciej Lewandowski.
Przy świątyni działają Wspólnota Przyjaciele Oblubieńca, Legion Maryi, Schola dziecięca, schola dorosłych, a także Koła Żywego Różańca oraz Koło Żywego Różańca rodziców modlących się za dzieci . Oprócz tego młodzież włącza się w Liturgiczną Służbę Ołtarza, a dorośli angażują się licznie w Liturgię Słowa. Każdego dnia jest godzinne wystawienie Najświętszego Sakramentu oraz modlitwa różańcowa.